Por Ley Regional Nº 386, el fundo llamado “Quinta Garcés”, fue destinado por el Gobierno para la construcción de una Cárcel Pública en la ciudad de Puno, debido a los informes Técnicos, se determino, que no se podía construir dicha cárcel, porque la topografía del terreno no era adecuada. Por Ley Nº 8698 del poder ejecutivo de fecha 7 de julio de 1938, en el Gobierno del General Oscar R. Benavides, presidente de la república, en su artículo único establece destinar el Fundo denominado “Quinta Garcés” de la ciudad de Puno a la construcción del local de la Granja Taller Escuela para mujeres indígenas del departamento de Puno. Con la finalidad de mejorar las condiciones de vida de las niñas, enseñándoles labores cotidianas, de cultivo y de hogar.
El 24 de junio de 1939 el pueblo puso la primera piedra para la construcción de una granja Escolar de Mujeres, siendo concluida en los meses de octubre y noviembre de 1941, sin embargo fue paralizada por dos años debido a que faltaba su acabado. Por R.M. Nº 1243 del 7 de setiembre de 1950, se crea la Escuela Normal Rural más tarde urbana con su respectiva Escuela de Aplicación de Chivay de Arequipa y la Normal de Huancavelica, acogiendo a 90 alumnas en el que terminaron sus estudios superiores en esta casa superior de estudios.
En 1963 fue elevada a Escuela Normal Superior María Auxiliadora, por D.S. 603 del 28 de noviembre de 1963, promulgado por Ley Nº 149327 contado con diferentes especialidades en Educación Secundaria, ante la necesidad de las futuras profesoras realizaran sus prácticas profesionales, se crea el colegio de aplicación María Auxiliadora y posteriormente el Jardín de Infancia con el mismo nombre. La labor realizada por las hijas de María Auxiliadora, por la niñez y juventud puneña fue hasta el año de 1974, fecha en que se retiraron de la ciudad de Puno, Teniendo como ultima Directora a la hermana religiosa Sor Yolanda Rivera Nieva y quedando como directora Seglar la señora profesora Blanca Siles de Romero, durante muchos años solo fue Colegio Secundario de señoritas y con el pasar de los años se convirtió en Colegio Mixto en aplicación de la coeducación.
A partir del año 1995, es elevado a la categoría de complejo educativo “María Auxiliadora”, donde funciona los tres niveles educativos y bajo la Resolución ministerial Nº 0318-2010 ED es considerado como institución Educativa Emblemática.
